"Manhattan" suit les scientifiques brillants, mais imparfaits, impliqués dans la plus grande course contre la montre de l'histoire de la science, la construction, clandestine, de la première bombe atomique du monde à Los Alamos, Nouveau-Mexique.
Les scientifiques et leurs familles tentent de co-exister dans un monde où secrets et mensonges s'introduisent dans chaque aspect de leur vie.