Nom de code: Madlax | Profession : tueuse | Âge : inconnu | Sexe : F.

Pas de nom, juste une réputation de redoutable machine à tuer qui exécute des missions spéciales sur les terres d'un pays ravagé et rongé par la guerre civile depuis une douzaine d'années. D'un tempérament froid aux premiers abords, l'héroïne s'avère être en fait une tueuse au grand coeur dotée d'un fort charisme et d'un charme redoutable.

En parallèle, une petite fille du nom de Margaret Burton issue du milieu aristocratique et sous la tutelle de sa gouvernante Eléanor semble souffrir d'une profonde amnésie voire d'un repli sur elle-même, suite à un choc psychologique sans précédent : la mort de ses parents dans un accident d'avion auquel elle a miraculeusement échappé.

Qui est Madlax ? Qui est Margaret Burton ? Pourquoi Margaret a-t-elle perdue la mémoire ? Pourquoi Madlax ne se rappelle plus de son enfance ? Ces deux personnes ne se connaissent pas, mais quel est donc ce lien qui les relie irrémédiablement ?