Nous sommes un siècle après le début de la colonisation de l’univers. Les hommes et les femmes afin de mieux conquérir l'espace ont décidé de se séparer en 2 sociétés distinctes. C'est ainsi qu'a commencé la guerre ancestrale entres les hommes et les femmes. Mais le gouvernement de Taraaku vient de mettre au point une nouvelle arme qui anéantira ces maudites femelles de Mejerr dont le mythe veut qu’elles dévorent le foie des hommes une fois ceux-ci battus. Mais lors d'une conférence à bord du vaisseau des hommes, un groupe de femmes pirates les attaquent à bord de leurs "Dread" (mécha des femmes). Hibiki Tokai, un jeune mécanicien voulant voler un "Vanguard" (mécha des hommes), Duero Macfile, médecin avide de nouvelles connaissances et Bart, un navigateur se font prisonniers sur le vaisseau de femmes. C'est ainsi que Hibiki et ses 2 autres compagnons de cellule feront la connaissance de Dita (qui chouchoutera Hibiki, ce qui l'agacera), Jura (qui veut savoir à quoi sert l'étrange antenne que les hommes ont entre les jambes), Meia (qui n'aime pas Hibiki)....
Tous les protagonistes seront rassemblés dès lors que l’explosion du Pexis, une forme d’énergie pensante, fera fusionner le vaisseau pirate et le vaisseau de Taraaku déserté par son équipage, puis attirera un ennemi inconnu d’une rare puissance. Bien des mésaventures attendront alors nos héros qui braveront tous les dangers pour sauver leurs mondes. Mais ils auront à leur disposition des armes redoutables eux-aussi. En effet, suite à l’explosion du Pexis, non seulement le vaisseau des pirates, rebaptisé Nirvana, est devenu surpuissant (et caractériel...) mais les Dreads de Dita, Meia et Jura se voient capables de fusionner avec le Vanguard d’Hibiki donnant naissance à des super méchas... les Vandread !