1964, une école catholique dans le Bronx.
La père Flynn, un prêtre de la paroisse, entraineur de basketball, est soupçonné d'avoir fait des attouchements sur un garçon noir de douze ans.
Soeur Aloysius, directrice de l'école, a des doutes sérieux sur la moralité du prêtre mais n'arrive pas à établir les preuves nécessaires à son renvoi.
Quand soeur James, une soeur naïve, vient lui raconter un événement impliquant le père Flynn et un garçon de l'école, soeur Aloysius estime que ses soupçons sont confirmés. Elle part donc en guerre contre le prêtre, bien determinée à le demasquer. L'aumônier accusé va tenter de se disculper mais soeur Aoysius n'a pas dit son dernier mot. La doute s'installe. Quelles en seront les conséquences ? Et si tout cela n'était qu'un malentendu ?