Santiago du Chili, 1973.
Deux enfants âgés de 11 ans, Gonzalo Infante, issu des beaux quartiers, et Pedro Machuca, qui survit dans un bidonville...
Alors que tout les oppose, les deux garçons se rencontrent sur les bancs de l'école grâce à l'initiative idéaliste du Père Mac Enroe : permettre aux enfants de milieu défavorisé d'intégrer le collège catholique très huppé qu'il dirige. Son but : apprendre à tous respect et tolérance au moment où le climat politique et social se dégrade dans le pays. Parmi les parents des enfants, certains approuvent, d'autres crient au scandale.
De cette atmosphère fiévreuse naît une amitié profonde entre les deux garçons qui partagent un premier amour, des rêves de justice et un instinct de rébellion. Ensemble, ils seront les témoins impuissants du coup d'Etat sanglant qui signe la fin de l'époque d'Allende ...