Le 6 août 1945, un B-29 américain lâche la première bombe atomique sur la ville d'Hiroshima...
Face à cette nouvelle forme de menace, les autorités militaires japonaises confient une mission de la plus haute importance au Capitaine Masami Asakura qui se voit confier le commandement d'un sous-marin ramené d'Allemagne par une équipe de scientifiques : le I-507.

Sa mission : trouver le vaisseau américain qui achemine la seconde bombe atomique et l'empêcher de mener sa tâche à bien. Mais comment faire alors que les eaux grouillent de navires américains ? Masami ne tarde pas à découvrir la présence à bord de son sous-marin d'une arme secrète d'origine nazie appelée Loreleï, un petit submersible avec à son bord une jeune japonaise ...