On repart de zéro: au début de la série, l'école pour jeunes « surdoués » de Charles Xavier ouvre ses portes. Avec l'aide des élèves qu'il a déjà personnellement formés (Tornade, Cyclope et Jean Grey) bientôt rejoints par Wolverine, le professeur « X » accueille enfin les premiers arrivants.

La série reprend les gros évènements du comics (les Sentinelles, Apocalypse, plus une apparition de Captain America) mais cette seconde série sur les X-Men est beaucoup plus édulcorée que l’originale. Elle est néanmoins amusante et peut être regardée par des fans de X-Men ou des gens ne connaissant pas la série.