Yu-Gi-Oh-! GX se déroule des années après l'histoire de Yugi Mûto. On y découvre Juudai Yuuki dans le rôle du héros. Ce dernier va à l'Académie des Duellistes, fondée par Seto Kaïba, pour y être admis. Il croise en route un personnage dont la coupe de cheveux rappelle Yugi Mûto et reçoit une carte qui l'accompagnera durant son aventure. Yuuki est admis et, dès lors, son avenir est truffé de combats toujours plus difficiles les uns que les autres. Il rencontrera également aussi un professeur qui fera tout pour le faire renvoyer de l'académie : Chronos de Medici. Dans cette académie qui se situe sur une île, il se fera des amis qui l'accompagneront dans les aventures qui l'attendent, tels que Marafouji Shou et Maeda Hayoto.

Mais il se fera aussi des rivaux en la personne de Tenjouin Asuka et plus particulièrement Manjoume. Dès le concours d'admission, ce dernier aura une dent contre Yuuki et fera tout ce qu'il peut pour le battre!