L'histoire débute lorsque DoReMi, une petite fille de 11 ans, rencontre une sorcière, Maggie Grigri. En la découvrant, cette dernière est transformée en grenouille-sorcière. Afin de retrouver sa forme originelle, celle-ci prend DoReMi comme apprentie sorcière. Une fois que celle-ci sera devenue une véritable sorcière, elle pourra lever le charme. Bien vite, Émilie et Sophie, ses amies, deviennent également les apprenties de Maggie Grigri et aident DoReMi a progresser dans le but de devenir une véritable sorcière. Par la suite, d'autres apprenties viennent grossir l'équipe : Bibi, Loulou, Mindy et Flora.

Leurs aventures les conduisent dans le Monde des Sorcières et dans le Monde des Magiciens. Avec l'aide de la Reine des sorcières, elles devront parvenir à améliorer les relations entre les trois mondes qui sont fermés les uns aux autres.