L'époque où la race humaine, avide de nouvelles ressources en énergie et de colonisation, s'est lancée à la conquête de l'espace, a été baptisée Cosmic Era. C'est à ce moment là qu'un nouveau type d'être humain issu de recherches génétiques est apparu. Dès lors, le nombre de ces humains baptisés "Coordinators", aux capacités mentales et physiques exceptionnelles, n'a cessé d'augmenter. Ils ont construit de gigantesques mégalopoles satellitaires, les Plants, exemptes de toute forme de discrimination nationale ou ethnique. Parmi les humains normaux, les "Naturals", certains jalousaient ces êtres aux capacités ultra-developpées tandis que d'autres admiraient leurs cités utopiques. Mais la haine allait grandissant. En l'an 70, ces tensions débouchèrent sur le plus tragique événement que l'humanité ait connu : la "Bloody Valentine", anéantissement total d'une colonie spatiale. Après cet horrible drame, l'Alliance terrestre (les naturals) et ZAFT (les coordinators) se sont livrés une guerre sans merci. Alors que la victoire de l'Alliance terrestre semblait acquise, l'armée de ZAFT leur opposa une résistance farouche, le conflit dure depuis onze mois...