Une des particularités de Faites entrer l'accusé repose sur la mise en scène de son présentateur Christophe Hondelatte, et le ton narratif souvent théâtral. Hondelatte est presque toujours filmé de nuit, principalement dans le décor feutré et dépouillé d'un studio au fond d’une cour, tapissé de photos ou d'articles de presse, mais aussi dans des bars, au volant d'une voiture ou sur les quais de Seine. Il décortique les agissements des criminels et le travail des enquêteurs. Son récit est étayé par des archives télévisées, des entretiens avec des journalistes, experts-psychiatres, enquêteurs, magistrats, témoins, parfois même avec les protagonistes des affaires, et appuyé par les interventions du journaliste Dominique Rizet. Certains numéros précèdent un débat portant sur le sujet de l'émission du soir, tels que les conséquences du procès d'Outreau, le traitement des criminels fous, ou encore une discussion sur les multirécidivistes sexuels.