La Fédération Terrienne est en conflit avec les Colonies depuis trop longtemps. Ils décident alors d'attaquer avec leurs armes ultimes : les Gundam. Ils ont produit en série trois modèles différents qui surpassaient les capacités des autres MS. Afin de prouver leur supériorité, ils attaquèrent et détruisirent une colonie à l'aide du Canon Satellite, une arme extrêmement destructrice alimentée par micro ondes provenant d'une base lunaire. En représailles, les colonies s'abattirent sur Terre et provoquèrent la plus grande catastrophe que le monde ait connu... Plus d'un milliard d'êtres humains furent tués.

15 ans après, le monde se reconstruit peu à peu. Les MS sont devenus très rares, beaucoup appartiennent à des voleurs. Tout commence lorsqu'un homme demande à un jeune voleur orphelin, Garoad Ran, de kidnapper pour lui une jeune fille du nom de Tifa Adil. Cette dernière est prise en otage par des Vultures, une sorte de mercenaires errants à la surface du globe. Après avoir exploré le vaisseau des Vultures et trouvé une manette de commandes d'un MS, il reparti avec Tifa. Mais lorsqu'il voulut la remettre à celui qui lui avait demandé, Tifa se mit à avoir très peur et Garoad senti que c'était louche. Il s'enfuit alors avec Tifa. La jeune fille a fait preuve de ses dons de médium pour prédire là où les MS qui les poursuivaient les attaqueraient. Tifa amena Garoad vers une vieille usine à MS de la Fédération. Ils y découvrirent un GX-9900 Gundam X. Garoad monta à bord pour protéger Tifa. Il l'activa grâce à la manette qu'il avait volé chez les Vultures. Après le combat, les Vultures arrivèrent avec deux autres Gundam, un Airmaster et un Leopard, et le combat s'enclenche aussi...