Il y a bien longtemps des vaisseaux spatiaux ont quitté la Terre afin de coloniser de nouvelles planètes. Les hommes et les femmes se sont séparés et ont crées deux royaumes distincts : Tarak et Mejeru. Cela fait maintenant 3 générations que les deux royaumes se font la guerre et les hommes, qui vivent dans la crainte des femmes, ont oubliés jusqu'à l'apparence de leurs compagnes d'antan.

Hibiki Tokai, qui travaille dans une usine d'assemblage de Vanguard, promet de voler un de ces robots de combat afin de prouver à ses congénères de 3eme classe qu'il est capable de faire de grandes choses. Il s'introduit par effraction dans le tout nouveau vaisseau amiral de la flotte pendant la cérémonie d'inauguration mais il se retrouve coincé lors une sortie spatiale prématurée. A peine sorti de l'orbite de leur planète, les hommes sont attaqués par des pirates de Mejeru qui s'emparent du vaisseau et font trois prisonniers... dont Hibiki.
Peu de temps après, les femmes sont à leur tour attaquées par des aliens et doivent accepter de s'allier à leurs prisonniers afin de vaincre leurs nouveaux ennemis. Au cours de l'assaut, le vanguard d'Hibiki fusionne avec le Dread d'une pilote femme du nom de Dita donnant naissance à un tout nouveau type de robot : le Vandread !