En 2006, un virus surnommé la Grande Mort a causé d'énormes pertes humaines. Seuls les enfants n'ayant pas atteints l'âge de la puberté ont survécu à ce drame. Dans un monde post-apocalyptique, les survivants se sont alors retrouvés livrés à eux-mêmes.
15 ans après cette catastrophe, Jeremiah parcours ce monde hostile dans l'espoir de comprendre ce qui s'est passé et de bâtir un monde meilleur.