Quelques semaines avant le début de la saison, le Dr Tommy Olivier, archéologue et ancien membre des Power Rangers, entreprend avec l'aide de son collègue Anton Mercer la création d'organismes à base d'ADN de dinosaure, destinés à aider à la protection de la planète. L'expérience tourne mal lorsque Mercer est transformé en une créature reptilienne du nom de Mesogog, et décide d'utiliser les créatures issues des recherches à son propre profit. Tommy réussit à faire exploser l'île où ont eu lieu les recherches, tuant apparemment Mesagog et ses forces, avant de fuir.
Quelque temps plus tard, alors que Tommy s'inscrit comme professeur dans un lycée, Mesogog resurgit de façon mystérieuse. Dans les incidents qui suivent, trois des élèves entrent en possession des Dinocrystaux, qui leur confèrent des pouvoirs et la capacité de contrôler les Dinozords créés par Tommy et Mercer. Tommy est alors contraint de les recruter et de les former en tant que nouveaux Power Rangers pour lutter contre Mesogog... Très peu de temps après, Tommy trouve un dinocrystal noir, qui permet d'acquérir un pouvoir d'invisibilité et de rejoindre l'équipe de façon active.
Plus tard, un Ranger blanc les attaque. Kira, qui essaie de protéger ses amis, est aussitôt prise dans une bagarre. Ce nouveau Ranger s’aperçoit alors que celle qu'il attaque est une de ses amies. Il décide de dévoiler son identité aux autres, qui n'en reviennent pas : il est en réalité Trent Mercer, le fils d'Anton, manipulé par Mesogog afin de les détruire. Trent leur avoue bien plus tard que Mesogog est en fait son père qui ne parvient pas à maîtriser ses transformations.
À la fin de la série, Mesogog se débarrasse d'Elsa en la transformant en humaine. Trent parvient ensuite à libérer son père de l'emprise de Mesogog qui semble être anéanti; puis Zeltrax décide d'enlever Elsa, qui essaie de le raisonner, mais cela ne sert a rien. Les Rangers utilisent leurs Zords pour détruire Zeltrax pour de bon, mais ils se rendent alors compte que c'est loin d'être fini car Mesogog est en réalité vivant et bien plus puissant. Au terme d'un combat épique où ils finissent par perdre définitivement leurs pouvoirs, ils le vainquent une fois pour toutes et peuvent ainsi reprendre une vie normale.