Shane, Tori et Dustin sont trois étudiants de l'école des Ninjas. Leur manque d'entraînement et de sérieux oblige souvent le Sensei à leur faire la morale. Un jour, l'école est attaquée par Lothor, un maître ninja banni qui revient sur Terre pour prendre sa revanche et capturer tous les élèves Ninjas. Shane, Tori et Dustin sont les trois seuls étudiants qui ont pu s'en sortir. Avec le Sensei et son fils Cam, ils partent se cacher dans le quartier général. Là-bas, les trois élèves reçoivent des Morphers leur permettant de se transformer en Rangers Cyclone et de protéger Blue Bay Harbor des attaques de Lothor.
Lorsque Lothor démontre qu'il est capable de faire grandir ses propres monstres, les Rangers font appel aux Zords Ninja, qui peuvent se combiner pour former le Megazord Cyclone et détruire les monstres avec un arsenal de Sphères d'énergie. Lothor fait monter les enchères en envoyant ses nouveaux alliés combattre les Rangers : les Rangers Tonnerre, possédant leurs propres Zords Tonnerre. Dans leur mission de vengeance, les Rangers Tonnerre ont kidnappé le Sensei, le croyant responsable de la mort de leurs parents, mais ceux-ci leur apparaissent et leur racontent la vérité : c'est Lothor le responsable. Les Rangers Tonnerre se joignent alors aux Rangers Cyclone dans leur combat contre Lothor, ajoutant à l'arsenal leurs Zords Tonnerre qui peuvent s'assembler avec les Zords Ninja pour former le Megazord Super Cyclone.
Lorsque les Rangers perdent leurs pouvoirs, Cam utilise le Parchemin du temps pour voyager dans le passé pour récupérer l'Amulette du Samouraï, un objet dans la famille en possession de sa mère. Cam retourne ensuite dans le présent et utilise l'amulette pour devenir le Ranger vert, équipé du Megazord Samouraï. Un autre parchemin perdu aidera Cam plus tard à retrouver la Guitare du Mammouth, qui permet de faire appel au Puissant Zord Mammouth.
Lothor essaie d'ouvrir l'Abysse du Diable et de relâcher le mal sur le monde entier. Lors de la bataille finale, il vole le Morpher Samouraï lui permettant d'absorber tous les pouvoirs des Rangers, mais il est vaincu par les pouvoirs Ninjas des Rangers et il est envoyé au fond de l'abysse. Les Rangers, dépourvus de pouvoirs, reprennent le cours d'une vie normale, libérés de la menace de Lothor et de son armée.