Kyôsuke, le leader des Little Busters, un groupe dont le but est de préserver la justice, est de retour au lycée. C'est l'occasion pour la bande de se réunir et d'organiser un match de baseball sur la demande de leur chef. Riki, l'un d'entre eux, a été recueilli très jeune, alors qu'il venait de perdre ses parents. Il aura pour rôle de recruter des joueurs exclusivement féminins pour ce match, puisque Rin, idole du lycée et seule fille du groupe, a échoué dans sa tâche. C'est ainsi que débute une nouvelle aventure pleine de rencontres pour la bande de copains…