Au commencement de l'histoire, nous faisons la connaissance d'un jeune garçon dont nous ne savons rien, Yugi Mutô. Il s'agit d'un garçon ayant reçu de son grand père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle du millenium. Cet objet antique n'a encore jamais réussi à être assemblé par quiconque, mais le jeune Yûgi réussit finalement à percer le mystère. Dès lors il devient un personne complètement différente lorsqu'il livre des duels, Yami, l'esprit du puzzle du millenium prend possession de lui.

Yugi et sa bande d'amis parcourent le monde afin de remporter des duels et de percer le mystère des objets du millenium.