La série débute sur Cybertron, planète d'origine des Transformers. Les ennuis commencent tout de suite pour les Maximals : ils sont victimes d'une grave dégénérescence de leurs composants électroniques, entraînant notamment une incapacité de quitter leur forme animale (revenue à leur forme terrienne d'origine, avant les épisodes transmétaliques) et une lourde perte de mémoire.

Après avoir regroupé son équipe (le guépard Vélocitor (Cheetor), le rat Rattrap et la Veuve Noire (Black Arachnia), le gorille Optimus Primal doit faire face à un risque fatal ainsi qu'à la disparition de (presque) tous les autres transformers de Cybertron, y compris des membres de l'équipe (le rhinocéros, second et chef ingénieur de Primal, Rhinox et le mutant aigle/loup Silverbot) !

Pendant ce temps, Cybertron est peuplée de drones, des Transformers sans âme (Spark), aux ordres de... Mégatron.