Sur la planète Mobius, se trouve une ville nommée Robotropolis mais qui s'appelait avant Mobotropolis. Mais aussitôt, après la naissance des enfants de la reine Éleéonor, le méchant Dr Robotnik a introduit sa technologie. Source de revenus pour lui, les aristocrates profitaient de leur vie futile tandis que les gens du peuple furent robotisés et réduits à l'esclavage. La reine et ses enfants durent se cacher. Mais un jour, elle alla voir l'oracle de Delphes qui lui fit une prophétie où Robotnik ne régnerait plus, mais pour que la prophétie se réalise un jour, elle devait abandonner ses enfants.

Sonic, son fils ainé, est recueilli par une famille de clandestins puis vers ses 5 ans chez son oncle Chuk ; Sonia, sa seule fille, par une noble ; et Manic, son fils cadet, avant d'entrer dans sa famille, se fait enlever et a été élevé comme un voleur. Un jour, l'oracle révèle à Sonic le pouvoir des médaillons et qu'il a un frère et une sœur. Il leur remet une carte indiquant la route à suivre avant de disparaitre. Sonic, Sonia et Manic partent alors à la recherche de leur mère. Mais les péripéties ne manqueront pas...