Après 50 ans sans perturbations ni quoi que ce soit, la zone sinistrée de Kyushu se remet en mouvement. Celle-ci est entourée de nuages et de tempêtes rendant impossible son accès. Misumi Kyou et Kusanagi Kenji sont rivaux et tous deux pilotes d'hyper-moto et lors du réveil d'un monstre de pierre et d'argile, Kenji se voit alors attribuer le puissant Jeeg qui renait donc de ses cendres et réveille une nouvelle légende !