L'histoire se déroule 12 000 ans après les événements de la série Sousei no Aquarion. Il s'agit donc d'une série indépendante du premier opus, avec ses propres personnages, de nouveaux robots, combattant des ennemis venus d’une autre dimension.
Il est néanmoins à noter que l'auteur et réalisateur Kawamori Shoji a laissé entendre que certains personnages pourraient être la réincarnation d'Apollo, Silvia et d’autres personnages issus du premier volet.