Saison 1 :
Neo-Tokyo, Japon, 2020. Sahashi Minato, étudiant de 19 ans vient de rater pour la seconde fois son examen d'entrée à l'université. Alors qu'il rentre chez lui, il rencontre Musubi, charmante jeune fille littéralement tombée du ciel. Celle-ci, attaquée par deux autre jeunes femmes aux pouvoirs surnaturels, est à la recherche de son Ashikabi. En effet Musubi est une Sekirei qui veut participer à un tournoi secret organisé par une étrange multinationale, la MBI, où doivent s'affronter 108 Sekirei et leur Ashikabi. Musubi ne pouvait trouver meilleur partenaire que Minato...

Saison 2 :
On suit l'aventure de Minato Sahashi et de ses adorables Sekirei. Ce sont de jeunes filles ayant chacune ses propres pouvoirs. Les Sekirei et leurs partenaires, les Ashikabi, s'affrontent dans une bataille jusqu'à ce qu'il ne reste plus qu'une seule Sekirei. Ceci est le projet Sekirei organisé par Hiroto Minaka, président du MBI. Dans cette saison, le voile sur la troisième étape du projet Sekirei commence à se lever tout doucement…