À l'époque du Japon féodal, l’ère Edo apporta une paix précaire régit par le sang. Ninja Scroll relate les aventure de Kibagami Jûbei voyageant dans la campagne japonaise en tant que mercenaire. Jubei, bien malgré lui, se voit confier un mystérieux joyau… La série prend place quelque temps après le film, et certains personnages y demeurent présents.