20 ans avant le commencement de l'histoire, une météorite se dirigeant vers la Terre anéanti Pluton. Pluton détruite, la météorite, qui se nomme Thanatos, est restée temporairement stagnante et menace la Terre.
Pour éviter une imminente destruction de la planète, l'ISDA travaille actuellement sur le Projet-D et a secrètement créé une arme, le Dragonaut, après avoir trouvé un œuf de dragon dans l'océan. Cependant, l'organisation s'aperçoit que la météorite n'est pas la seule menace, car de puissants dragons venant de Thanatos arrivent sur la Terre.
Après avoir été témoin de d'un combat et de la mort d'une de ces créatures, Jin Kamishina, un garçon de 18 ans solitaire et orphelin, est choisi pour devenir un pilote de Dragonaut.
Toa, une fille mystérieuse qui l'a sauvé d'une chute mortelle lors de l'attaque du dragon, l'aide dans son périple, . Au fil de leurs découvertes, ils rencontrent de nouveaux amis et de nouveaux ennemis, et développent une relation très proche...