La ville de Tokyo a été conquise, par des envahisseurs qui ont dévaste le reste de la planète: les Muliens. Depuis lors, les survivants de la race humaine se sont regroupés, afin de livrer pour leur survie un combat qui paraît perdu d'avance contre les gens de Mu et leurs machines géantes, les Dolem. Les fils ténus d'une difficile victoire semblent se croiser dans Tokyo-Jupiter, ville désormais coupée du reste du monde, et où le temps s'écoule dans une autre direction, à l'insu de ses habitants... qui ne savent même pas que la ville est aux mains de Mu. Personne de l'extérieur n'a pu pénétrer dans Tokyo-Jupiter. Jusqu'à ce jour. Mais désormais, le jeune Ayato Kamina va se retrouver en première ligne d'un combat titanesque contre une mystérieuse civilisation.