Tortues Ninja nous raconte l'histoire de quatre petites tortues qui, suite au contact d'une étrange substance chimique, deviennent beaucoup plus grandes et se voient dotées de la faculté de parler. Un rat, qui répond au nom de Splinter, va les accueillir dans les égouts de la ville de New York et leur enseigner les arts martiaux, plus particulièrement le nindo : la voie du ninja. Nos quatre tortues, qui ont désormais des noms ; Donatello (violet), Léonardo (bleu), Raphaël (rouge), Michelangelo (orange) ; vont ensuite faire la rencontre d'April, une intrépide journaliste qui va les aider à lutter contre la bande à Shredder, l'ennemi juré de Splinter qui se cache derrière un masque de fer.