Bokura ga Ita nous raconte l'arrivée au lycée de Nanami Takahashi et de sa rencontre avec Yano Motoharu, jeune garçon de sa classe dont elle va immédiatement tomber amoureuse. Cependant Yano ne fait pas vraiment attention à elle et semble cacher quelque chose malgré ses airs toujours réjouis...