Saison 1 :
Après avoir dit au revoir à une camarade de classe, Yûji se retrouve dans un kekkai. Là où les autres sont figés, lui, il peut bouger et voir que des monstres dévorent les humains qui l'entourent. Ces monstres finissent par s'attarder sur Yûji, l'appelant ainsi un Mistes. Mais une jeune fille aux cheveux et aux yeux rouges lui vient en aide et détruit les monstres avant de guérir Yûji et les hommes dévorés.

Tremblant et stupéfait, il lui demande des explications. Les âmes dévorées gardent leur forme humaine une fois qu'elle est intervenue, afin de préserver la balance de la vie.

Mais la petite flamme que Yûji voit dans chacun de ces êtres n'est autre que leur forme originale. Cependant, ce n'est que temporaire. Elle lui annonce alors que lui aussi n'est plus humain et il finit par voir la petite flamme qui l'accompagne. Anéanti, il aimerait connaître les circonstances de sa mort...

Saison 2 :
C'est la rentrée pour Yûji Sakai. Devant son lycée, il retrouve son meilleur ami, Hayato Ike, son amoureuse transie, Kazumi Yoshida, ainsi que son inséparable compagne, Shana. Alors que la vie semble avoir repris son cours normal, Yûji a l'impression que le temps qui passe n'est qu'un éternel recommencement, comme un air de déjà-vu. Ses doutes sont confirmés par la chute des fleurs de cerisier en plein mois de septembre. C'est surtout lorsque Friagne, le Tomogara de Guze qu'il a vaincu avec Shana, réapparaît que Yûji se rend compte que quelque chose ne tourne pas rond. Un mystérieux son de clochette, une vie qui se déroule tel un rêve à la fois fugace et éternel : il semblerait qu'un nouvel adversaire se dresse en travers du chemin de nos héros.

Saison 3 :
Attendant Yûji chacune de leur côté le soir de Noël, Shana et Kazumi comprirent vite que la torche du jeune homme s'était éteinte. Alors que tout ce qui se rapporte à son existence disparaît et qu'il tombe peu à peu dans l'oubli, les lettres que les deux jeunes filles lui avaient envoyées reviennent à leurs expéditeurs. L'espoir concernant sa survie renaît alors, mais ne sera que de courte durée puisque Yûji réapparaît devant elles en tant que chef du groupe Bal Masqué, devenant ainsi l'ennemi juré des Flame Haze. Avec cette découverte, Shana devra faire face à un douloureux dilemme entre le rôle qu'elle doit assumer dans cette guerre et l'amour qu'elle éprouve pour Yûji.