Des esprits maléfiques répertoriés en catégories A, B, C et D en fonction de leur puissance apparaissent aléatoirement dans tout le Japon. Etant invisibles aux yeux des humains « normaux » et détruisant toute forme de vie sur leur passage, le ministère de la Défense créa l’Agence de prévention des désastres surnaturels afin de trouver une solution au problème. Ceux qui la composent sont des militaires équipés d’appareils spéciaux et des personnes capables de voir les esprits. Tooru et Natsuki ont ce pouvoir et peuvent ainsi lutter sans problème contre l’adversaire.
Le ministère de l’Environnement a quand à lui fondé la Division de contre-mesures des désastres surnaturels. Contrairement à son prédécesseur, cette dernière a des membres comme Kagura et Yomi qui possèdent des habilités largement supérieures à celles des humains. En toute logique, comparé aux autres équipes, leur taux de réussite lors des missions est nettement plus élevé.

Malgré leur but commun, les deux ministères ne combattent pas ensemble car chacun veut agir à sa manière. Si jusqu’ici ils réussissaient à stopper l’avancée des esprits, une trahison improbable va totalement renverser la balance.
Quand l’allié d’hier devient l’ennemi de demain, les doutes et les questions laissent place à la souffrance et au sang…