Saison1
Amu Hinamori est une collégienne très, mais alors très caractérielle. À tel point qu'elle change souvent de collège. Alors qu'elle vient tout juste d'arriver dans le collège Seiyo, plein de rumeurs lui courent après...
Le soir même chez elle, une étrange femme lui parle d'ange gardien via une émission de télévision...Jugeant qu'il s'agit d'une arnaque pour ceux qui croient à la bonne fortune, Amu l'envoie balader. Seule dans sa chambre, elle demande justement plus de chance et de courage à cause de sa personnalité qui la trouble. Surgis de nulle part, 3 œufs apparaissent dans son lit. Amu décide de prendre ces mystérieux œufs avec elle. Au collège elle rencontre un garçon étrange, le "Prince" qui semble être au courant de l'existence des œufs, mais quelqu'un d'autre s'intéresse de près à ces œufs et ses intentions ne sont pas très bienveillantes.

Saison 2
Shugo Chara! Doki! est la deuxième saison de Shugo Chara! et commence à l'épisode 52. Amu est la fille "cool et rebelle" de son école, tellement qu'elle en est intouchable. Cependant, cette attitude n'est qu'une façade créée involontairement. Un soir, elle prie sa personnalité de revenir ; mais à la place, naissent trois Shugo Chara, contenant chacun une personnalité différente qui est aussi une partie de celle d'Amu ! Amu entre dans le groupe des gardiens après avoir découvert que seuls les enfants possédants un Shugo Chara en font partie. C'est là que commence la quête de l'embryon, l'œuf capable d'exaucer n'importe quel vœu ! En effet, la mission des gardiens est de retrouver cet œuf. Mais d'autres personnes veulent l'embryon (la compagnie Easter) et la quête se transforme généralement en combat contre les agents d'Easter quand ceux-ci se rencontrent. L'année passe, Kukai et Nadeshiko s'en vont et sont remplacés par Rima et Sanjou. Peu après, un quatrième œuf éclot, mais un X se déposera sur celui-ci...