Dans un monde parsemé d'horribles démons se délectant des âmes de leurs innocentes victimes, l'université Shibusen forme des chasseurs de démons, les Meisters. Chaque Meister se voit confier une arme qui a la capacité de prendre forme humaine ; on appelle ces armes des "Soul Eaters" car elles se repaissent littéralement des âmes des démons (ou "Oeufs de Kishin") qu'elles tuent. Une fois qu'un Soul Eater a mangé 99 "Oeufs de Kishin" il doit avaler une âme de sorcière afin de prétendre au titre de "Death Scythe" (Faux de la Mort)...