Yoshimori Sumimura et sa voisine, Tokine Yukimura, sont collégiens la journée et chasseurs créatures surnaturelles la nuit.
Une rivalité ancestrale déchire leurs familles. Rivalité illustrée par la guerre incessante que se livrent le grand-père Yoshimori et la grand-mère Yukimura, toujours prêts à en découdre dès qu'ils se croisent dans le jardin de leurs maisons adjacentes...
Une énergie que Yoshimori, du haut de ses 14 ans, a bien du mal à trouver entre ses études et ses courses-poursuites nocturnes. Surtout qu'en face de lui, Tokine, 16 ans, lui impose un rythme sévère : plus douée que lui, elle fait pencher la balance du nombre d'esprits capturés en faveur de sa famille, ce qui ne plaît pas beaucoup, évidemment, à l'aïeul Sumimura... Yoshimori se fait toutefois une promesse : celle de devenir plus fort, non pas pour être le meilleur, mais pour protéger Tokine, sa rivale mais aussi son amie, qu'il considère finalement un peu comme une grande sœur.
Il leur faudra de toute façon conjuguer leurs efforts pour faire face à certaines entités surnaturelles particulièrement puissantes. L’héritage de la lignée de Kekkaishi est en jeu...