Ryo Takatsuki, Hayato Shinguu et Takeshi Tomoe sont trois adolescents pourvus d'une faculté hors du commun appelée "Arms". Ils peuvent ainsi transformer une partie de leur corps en n'importe quoi susceptible de servir d'armes de destruction ou de défense.
Toutefois, ces jeunes garçons apprennent qu'ils ne sont pas trois mais quatre à avoir ce pouvoir... Ils doivent retrouver ce quatrième personnage avant leur mystérieux ennemi.