Teito Klein est un adolescent qui se prépare à passer son examen d'entrée à l'armée avec son meilleur ami Mikage. Teito n'a conservé aucun souvenir de son enfance. Mais, lors de l'examen, la vue de l'examinateur Ayanami déclenche en lui une vague de souvenirs. Teito voit Ayanami tuer son père. Ivre de rage, il se lance sur le militaire, qui l'arrête bien facilement et le fait emprisonner. Avec l'aide de Mikage, Teito fuit les cachots. Il n'est maintenant plus question pour lui de rester à l'académie militaire. Il vole un vaisseau et s'enfuit, pour s’écraser devant trois prêtres. Ceux-ci le conduisent dans une église. Tout en s'y reposant, Teito cherche à découvrir la vérité sur son passé et sur les Seven Ghost, protecteurs de cet endroit.
Mais l'examen final de l'académie se révèle bien au dessus de leurs craintes, car ils doivent éliminer un imposant prisonnier de guerre qui n'a aucun mal à faire mordre la poussière à ses camarades. Malgré cela, les deux amis parviennent à vaincre l'adversaire en usant de leur magie, le Zaiphon.
Mais la rencontre avec le directeur de l'académie, insatisfait du dénouement de l'examen, va complètement chambouler Teito : devant lui se tient l'assassin de son père....