L'équipe d'élite :

Un jour, des cartes ont commencé à tomber du ciel et elles ont été ramassées par les enfants du monde entier. Ces cartes présentaient différents personnages, différents environnements et différents pouvoirs. Les enfants ont alors inventé un jeu de bataille populaire, mais ils ne savaient pas que ces cartes correspondaient en réalité à un monde alternatif appelé Vestroia. Les enfants du monde entier jouaient avec ces cartes lorsque 6 enfants sont sortis du lot : Dan, Marucho, Runo, Shun, Julie et Alice. Ils ont appelé les monstres des Bakugan et leur équipe d'élite les Combattants de Bakugan. Vestroia est une vaste dimension comprenant 6 mondes attributs : le Feu, la Terre, la Lumière, l'Obscurité, l'Eau et le Vent. Au centre de cet univers se trouvent deux énergies opposées : le noyau de l'infini, source de toute l'énergie positive et le noyau du silence, source de toute l'énergie négative. Tout au long de l'histoire, ces deux forces opposées ont maintenu un équilibre sur Vestroia. Cependant, un vil Bakugan qui voulait prendre le contrôle essaya de s'accaparer tout le pouvoir. Son nom était Naga et sa mission était de pénétrer dans le noyau du silence et de s'emparer de son pouvoir et de devenir le maître du monde.

La Nouvelle Vestroia :

Dan, Shun, et Marucho ont été appelés à la nouvelle Vestroia, s'alliant à trois nouveaux combattants Bakugan nommés Mira, Ace, et Baron contre la diabolique organisation Vexos

Gundalian Invaders :

Après avoir vaincu Zenoheld, les combattants reviennent sur Terre. Avec l'aide de Ren, un nouvel arrivant, ils créent l'Inter-Espace Bakugan où les combattants peuvent s'affronter en toute liberté. On découvre de nouveaux combats, de nouveaux personnages et de nouveaux bakugan encore plus puissants.

Mechtanium Surge (La Déferlante Mechtanium) :

Dans cette saison, un groupe d'extraterrestres appelés Mechtaniums attaquent des planètes pour les conquérir. À l'heure actuelle, ils essaient de conquérir une planète appelé Ceros. Dan, Shun, et Marucho ont été appelés par trois jeunes Cerosians (Courtney, Darren et Bruce) pour les aider à lutter contre les Mechtaniums et leurs Bakugan nommés Mechtogan. Le sort des Cerosians et de l'univers tout entier est entre leur main.