Pendant une bataille avec le docteur Amino, Ben ne prête pas attention à ce que racontent Max et Gwen et se fait aspirer par un faisceau lumineux. Il est donc maintenant impératif de retrouver le créateur de la montre, un certain Azmuth, qui est le seul à pouvoir empêcher l'Omnitrix de s'autodétruire, sauvant Ben et toute la galaxie. Un problème se pose : Azmuth est retenu prisonnier. Il va donc falloir l'aider à s'évader. Avant que Ben n'ait le temps de stopper la fonction «autodestruction», Vilgax les retrouve et lance une attaque au moment où Ben commence sa nouvelle transformation en Géant...