Première partie :
Britsol, 18e siècle. À la mort d'un vieux pirate client de l'auberge de sa mère, le jeune Jim Hawkins hérite d'une carte indiquant l'emplacement d'une île mystérieuse et promet de retrouver le fabuleux trésor du capitaine Flint. Fasciné et obstiné, Tim convainc le docteur Livesey et le chevalier Trelawney d'armer un navire pour satisfaire cette quête insensée. Embarqué comme matelot à bord de l'Hispagnola, il réalise que des membres de l'ancien équipage de Flint menacent de s'emparer de la carte et du magot. Ayant conservé une moitié de plan, Jim débarque le premier sur l'île avec Sheila, la fille du capitaine déguisée en marin et lancée en secret sur les traces de son père...

Seconde partie :
À la suite d'une longue et éprouvante traversée, l'Hispagnola accoste enfin sur l'île tropicale. En avance sur l'équipage, Jim et Sheila rencontrent Ben Gunn, un ancien compagnon abandonné par Flint et avide de vengeance. Sur le chemin menant au trésor, bien des périls attendent les jeunes aventuriers, pris au coeur d'une lutte sans merci entre le chevalier Trelawney, les anciens pirates de Flint et le redouté Gunn...