Le film Begotten n'est pas facile d'approche, car il est totalement exempt de dialogues et présente des symboles culturels implicites, mais difficilement perceptibles. Ceci étant dit, le film fait de nombreuses références aux mythes religieux et païens. Par exemple, le mythe chrétien d'imprégnation de la Terre-Mère par Dieu, apparentée à l'imprégnation de Marie par l'Esprit-Saint. Ce mythe est également présent dans la mythologie égyptienne antique, où Isis s'imprègne elle-même du pénis d'Osiris, une fois celui-ci assassiné, pour donner naissance à Horus.

Le film Begotten semble ainsi mettre en scène au travers d'une poésie macabre, la naissance du Monde et l'apparition de la vie. La première scène débute avec la mise en scène d'un dieu suicidaire, saignant et s'étripant lui-même afin d'aboutir à sa propre mort (Dieu est mort et de sa mort naît le Monde). Une femme apparait (La Terre-Mère) de ses restes, s'éveille du corps gisant et s'imprègne de son éjaculat (représenté par son sang). Une fois enceinte, elle se met en route vers un paysage sans fin et complètement stérile, puis la grossesse se manifeste par l'avènement d'un adulte avec qui elle restera liée.

"Le Fils de la Terre" rencontre par la suite un groupe de nomades sans visage, qui le saisissent avec ce qui semble être des cordes. Le Fils de la Terre vomit ensuite plusieurs organes que les nomades acceptent alors comme des présents, avec frénésie. Les nomades apportent finalement l'homme à un feu puis le brûlent.

"La Terre-Mère " retrouve ensuite son enfant ressuscité et le console. Elle l'attache alors par le cou (avec une corde) comme pour ne plus le laisser partir. Les nomades réapparaissent cependant pour la violer. Le "Fils de la Terre" est laissé seul pour pleurer sur le corps sans vie de sa génitrice. Un second groupe de personnages rentre en scène pour l'emporter et la démembrer. Ils reviennent ensuite pour s'emparer du "Fils de la Terre" et, après l'avoir également démembré, le groupe enterre les restes dans le sol, ce qui a pour effet de rendre le site luxuriant de vie (naissance de la vie par le sacrifice de la mère et l'enfant).