Lorsque l'équipage d'un bateau disparaît, est envahi par des limaces géantes et que l'unique survivant raconte ce qu'il a vu, il n'y a plus de doute : Godzilla est de retour ! 30 ans après avoir été vaincu, le monstre est réveillé par une éruption sous marine et menace de nouveau le Japon. Dans un contexte international difficile, scientifiques et militaires nippons doivent trouver une solution pour que la créature ne menace pas les autres pays.