Dans un futur fictif au Japon, pendant l'ère Seika, est votée une loi censurant bon nombre d'œuvres littéraires et bridant ainsi la liberté d'expression : la Loi d'amélioration des médias, qui crée notamment le comité d'amélioration des médias chargé de confisquer tous les livres, revues, journaux… jugés indésirables.
Face à cet outrage, les bibliothèques s'unissent et créent alors le Corps Bibliothécaire, qui est chargé de leur défense et de celle des livres.

En l'an 31, alors que la "Guerre des bibliothèques" fait rage depuis près de trente ans, Kasahara Iku s'engage dans le CB, afin de suivre un homme qu'elle admire et qui l'avait protégée face aux Agents de la loi d'amélioration quelques années auparavent.
C'est ainsi qu'elle vivra pas mal de péripéties, aux côtés notamment de son supérieur Dojo Atsushi.