Control Tower raconte l'histoire d'un adolescent de 15 ans, Kakeru, qui essaie de se trouver une place à Hokkaido. Un jour, une nouvelle élève est transférée dans son lycée, Mizuho. Ces deux âmes solitaires vont se trouver un point commun : la musique. Kakeru et Mizuho deviendront alors amis et décideront de monter un groupe après que Kakeru ait trouvé une guitare. Lui à la guitare, elle au chant. Un bon moyen de sortir de cette vie morose et inintéressante, pour se sentir vivant.