Alors que son histoire avec Lois Lane devient sérieuse (en tant que Clark Kent), Superman s'inquiète pour elle et les dangers qu'elle pourrait encourir si ses ennemis découvraient leur relation. Sans compter que ses instincts paternels le pousse à être trop protecteur avec l'adolescente Kara, malgré le fait qu'elle ait, elle aussi, des super-pouvoirs.
C'est dans ce contexte que surgit le terrible Brainiac...