Un météore s'écrase au Japon, déversant des centaines de créatures arachnides extraterrestres dans Tokyo. L'armée impuissante face à un tel phénomène tente de résister autant que possible à l'envahisseur. Mais alors que la panique s'installe, et que ses créatures semblent vouloir installer leur colonie sur terre, un Gamera ressurgit des profondeurs pour les affronter.