Une armée de rats très agressifs envahit un quartier de Manhattan.
Une jeune femme se fait mordre par un rat dans la cabine d'essayage d'un grand magasin new-yorkais, et contracte une septicémie juste après son arrivée à l'hôpital. Susan Costello, responsable de la sécurité et des relations publiques du magasin, fait part de l'événement à sa directrice et engage Jack Carver, un exterminateur d'expérience. Aidé de son acolyte Ty, Jack découvre que les rats ont laissé des traces dans toute la surface du magasin, et s'inquiète de l'ampleur du phénomène. Lors d'un cours de natation, la fille de Susan, Amy, ainsi que ses camarades, sont poursuivis par une armée de rats, qui envahissent la piscine municipale. Jack s'entretient avec Ray Jarrett, un responsable du département de la santé, qui lui signale que l'affaire est étouffée par les dirigeants de la ville. Susan, Jack et Ty décident de localiser la colonie et se retrouvent à explorer les sous-sols de la ville. Après enquête, ils découvrent un laboratoire abandonné dans lequel des rats auraient subis une mutation suite à des expériences menées avec une plante spéciale...