Dans ce futur de plus en plus probable à chaque jour, le Siècle Universel, la colonisation du proche espace, fut la seule solution à l'impasse de l'exploitation outrancière des ressources naturelles de la Terre. Méprisés par l'élite demeurée sur Terre grâce à ses relations avec la bureaucratie de la Fédération, les colons développent des courants de pensée révolutionnaires qui, après de nombreuses et sanglantes joutes politiques, mènent à la fondation du Duché de Zion : avec des innovations technologiques radicales, ce régime totalitaire ne tarde pas à faire basculer la sphère humaine dans l'effroyable holocauste de la Guerre d'Un An et occupe bientôt la plus grande partie de la planète-mère.

Mais sur une des colonies les plus éloignées, un groupe de civils survivants d'un raid de Zion se retrouve réfugiés de l'espace à bord du croiseur fédéral White Base dont les vétérans décimés ont laissé aux commandes un équipage de novices inexpérimentés. À son bord se trouve le plus puissant engin de combat de l'époque : piloté par le jeune civil Amuro Ray, le Gundam deviendra le nouvel espoir de la victoire contre les forces de Zion alors que le vaisseau tente désespérément de rejoindre le Quartier-Général des Forces Militaires de la Fédération sur une Terre presque entièrement aux mains de l'ennemi...