An 196 AC, un an après la fin de la série Gundam Wing, la guerre est finie. La paix règne sur la sphère terrestre et sur les colonies. les pilotes de Gundam tentent de se construire une vie dans cette nouvelle ère de paix. Ils n'ont désormais plus besoin de leurs armes ; ils ont envoyé leurs Gundam vers le soleil afin de les détruire. Jusqu'au jour où Rélena Darlian, qui est devenue un haut dirigeant du gouvernement, est kidnappée par une colonie avide de domination absolue. Les pilotes de Gundam et leurs alliés se retrouvent alors une nouvelle fois au cœur de l'action, et la valse sans fin se poursuit.
« L'histoire est comme une valse sans fin dont les trois temps : la guerre, la paix et la révolution, s'enchaîneront à jamais ».