Au Japon. Un petit garçon, Ichiro Miki, est la tête de Turc attitré de ses camarades de classe. L'un d'entre eux est même devenu, à force de brutalités, son pire cauchemar. Pour échapper à la dure réalité de sa vie quotidienne, Ichiro aime à s'évader par l'imagination. Chaque nuit, il rejoint une île mystérieuse appelée «île des monstres». C'est sur ce bout de terre, dont tout le monde ignore l'existence, que le fameux dinosaure géant Godzilla et son fils, Minya, ont élu domicile. Minya aime beaucoup Ichiro et lui raconte tous ses problèmes. Or, un jour, il lui révèle qu'il est lui aussi victime d'une petite brute du nom de Gabera...