Les S.T.A.R.S enquêtent sur une série de meurtres un peu particulière : les corps semblent avoir été tués plusieurs fois. Au moins deux suspects ont été identifiés : Revolver Ocelot, tireur d'exception, et Death Wind, l'homme aux sarbacanes multiples. Leur objectif est plus effrayant encore : une attaque bactériologique sur la ville de Racon !!!