Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l'immigration intergalactique sur notre planète, les 'Men in black' ou 'MIB' opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d''aliens' sur notre sol doit rester secrète.
Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d'homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont afronter une nouvelle menace : Edgar le cafard...